1、急性感染性肠炎：各种细菌感染导致。常有流行病学特点（如不洁食物史或疫区接触史）、急性起病常伴有发热和腹痛，具自限性（病程一般数天至1周、不超过6周）；消炎药物治疗有效；粪便检出病原体可确诊。
2、阿米巴肠病：有流行病学特征，果酱样大便，结肠镜下溃疡较深、边缘潜行，间以外观正常黏膜，确诊有赖于粪便或组织中找到病原体，非流行区患者血清抗阿米巴抗体阳性有助诊断。高度疑诊病例抗阿米巴治疗有效。
3、肠道血吸虫病：有接触史，常有肝、脾肿大。确诊有赖粪便检查见血吸虫卵或孵化毛蚴阳性；急性期肠镜直肠乙状结肠见黏膜*褐色颗粒，活检黏膜压片或组织病理见血吸虫卵。免疫学检查有助鉴别。
4、其他：肠结核、真菌性肠炎、抗生素相关性肠炎（包括假膜性肠炎）、缺血性结肠炎、放射性肠炎、嗜酸粒细胞性肠炎、过敏性紫癜、胶原性结肠炎、白塞病、结肠息肉病、结肠憩室炎以及人类免疫缺陷病毒（HIV）感染合并的结肠病变应与本病鉴别。
还要注意，结肠镜检查发现的直肠轻度炎性改变，如不符合UC的其他诊断要点，常为非特异性，应认真寻找病因，观察病情变化，如有异常尽快就医。